Protocole détaillé n°1 - Interaction enzyme substrat

1. Télécharger le fichier "amylase_salivaire_humaine1.pdb"

2. Ouvrir le logiciel Rastop

3. Ouvrir depuis le logiciel Rastop le fichier "amylase_salivaire_humaine1.pdb"

4. Choisir une représentation en sphère de VDW

5. Colorer les atomes par chaîne

6. Identifier avec le curseur :

   • L'enzyme

   • L'amidon (ASF)

   • Les molécules d'eau

7. Colorer le fond en blanc avec l'outil palette

8. Avec l'outil Expression (AbC), sélectionner les molécules d'eau (HOH), puis les faire disparaître (bouton bleu foncé "cacher tout")

9. Avec l'outil de sélection de chaîne, sélectionner l'enzyme et représenter sa structure sous forme de bâtonnets

10. Optionnel : sélectionner les molécules d'amidon et changer leur couleur (rouge par exemple)

11. Orientez la molécule pour bien montrer le positionnement l'interaction entre l'enzyme et son substrat

12. Prenez une capture d'écran