La prise de conscience des conséquences néfastes de l’action humaine sur les écosystèmes a conduit à de nouvelles pratiques : la gestion raisonnée des écosystèmes par l’application des connaissances issues de l’écologie. On parle d’ingénierie écologique.

Par exemple, le lac d’Aydat en Auvergne, qui abrite une biodiversité intéressante, a connu, suite à la suppression d’une zone humide, des problèmes de prolifération d’algues. La zone humide détruite permettait de filtrer les eaux de la Veyre, rivière alimentant le lac et de retenir les polluants agricoles (excès d’engrais ruisselant dans les eaux de la Veyre). La zone humide rendait donc un service écosystémique d’épuration naturelle des eaux contribuant à la bonne santé de l’écosystème du Lac. La compréhension de ces processus écologiques a conduit à des travaux de reconstruction d’une zone humide en amont du lac. Grâce à cela, le lac a aujourd’hui recouvré un fonctionnement sain et le problème d'algues est résolu.